除去保護
Fmoc保護的柱子和單體必須用一種堿性溶劑（piperidine）去除氨基的保護基團。
激活和交聯
下一個氨基酸的羧基被一種激活劑所激活。(蛋白多肽)化學工藝常用HBTU/HCTU/HITU/HATU+NMM/DIPEA或HOBT+DIC作激活劑，激活的單體 與游離的氨基反應交聯，形成肽鍵。在此步驟使用大量的超濃度試劑驅使反 應完成。循環：這兩步反應反復循環直到合成完成。 氨基酸縮合結束后，(蛋白多肽)可用適量TFA進行洗脫，根據起酸堿性，可選擇10%TFA/DCM溶液，至100%TFA，以此類推。
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