化學合成多肽方法，包括液相和固相兩種方法。液相合成方法現在主要采用BOC和Z兩種保護方法，現在主要應用在短肽合成，如阿斯巴甜，力肽，催產素等，其相對與固相合成，具有保護基選擇多，成本低廉，合成規模容易放大的許多優點。與固相合成比較，液相合成主要缺點是，合成范圍小，一般都集中在10個氨基酸以內的
多肽合成，還有合成中需要對中間體進行提純，時間長，工作量大。固相合成方法現在主要采用FMOC和BOC兩種方法，(化學合成多肽)它具有合成方便，迅速，容易實現自動化，而且可以比較容易的合成到30個氨基酸左右多肽。
20種常見氨基酸，根據側鏈可以分為幾類：脂肪族氨基酸（Ala，Gly，Val，Leu，Ile，），芳香族氨基酸（Phe，Tyr，Trp，His），酰胺或羧基側鏈氨基酸（Asp，Glu，Asn，Gln），堿性側鏈氨基酸（Lys，Arg），含硫氨基酸（Cys，Met），含醇氨基酸（Ser，Thr），亞氨型基酸（Pro）。
多肽化學合成中氨基酸的保護非常關鍵，直接決定了合成能夠成功的關鍵。因為常見的20中氨基酸中有很多都是帶有活性側鏈的，需要進行保護，一般要求，這些保護基在合成過程中穩定，無副反應，合成結束后可以完全定量的脫除。合成中需要進行保護的氨基酸包括：Cys，Asp，Glu，His，Lys，Asn，Gln，Arg，Ser，Thr，Trp，Tyr。需要進行保護的基團：羥基，羧基，巰基，氨基，酰胺基，胍基，吲哚，咪唑等。其中Trp也可以不保護，因為吲哚性質比較穩定。當然在特殊的情況下，有些氨基酸也可以不保護，象，Asn，Gln ，Thr，Tyr。
