固相合成完成之后，必須選擇合適的切割試劑將多肽從樹脂上切割下來，然后經過冰乙醚沉淀，離心收集沉淀，經過HPLC分離純化，冷凍干燥得到*后產品。由于選擇的樹脂不同，氨基酸序列不同，(化學合成多肽)在切割時候，選擇的切割方法也不完全相同，一般都是選擇酸性條件下切割的條件，對于PAM，MBHA樹脂，一般采用HF切割，切割過程中需要添加對甲苯酚，對巰基苯酚，苯甲醚等試劑。而對于Wang，Rink-Amide，Trt樹脂，一般采用TFA切割，切割過程中加入，乙二硫醇，苯甲硫醚，水，三異丙基硅烷，苯酚等。這些添加試劑主要作為碳正離子俘獲試劑使用，(化學合成多肽)目的是俘獲切割反應過程中生成的碳正離子，減少這些碳正離子對部分氨基酸側鏈的進攻導致的副反應，比較容易產生副反應的氨基酸有：Trp，Tyr。切割試劑用量一般10-15ml/g樹脂。常用的切割配比：HF/p-cresol/p-thiocresol（90/5/5），TFA/TIS/EDT/H2O（94/1/2.5/2.5），反應一般是在室溫條件下2h-4h。
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